新生兒的眼睛顏色，取決於虹膜中黑色素的含量，而黑色素含量又受到 16 個以上、從父母雙方遺傳而來、彼此互相影響的基因所形塑。棕色眼睛的黑色素含量最多，綠色眼睛則介於中間、含量中等，藍色眼睛的黑色素含量非常少，而孩子從父母雙方各自遺傳到的組合，在出生前就已經決定了機率。因為這個性狀是多基因性狀，就算父母雙方都是棕色眼睛，只要兩人都恰好帶有隱性的變異基因，還是有可能生出藍眼睛的寶寶；相反地，父母雙方都是藍色眼睛時，幾乎一定會生出藍眼睛的孩子。要估計新生兒眼睛顏色最簡單的方法，就是把父母雙方的眼睛顏色，拿去對照已發表的遺傳學圖表，再把這些圖表換算成容易理解的百分比。這樣一來，準父母就能一目了然地看到棕色、綠色與藍色的機率，而不必從家族照片猜測，或從長輩身上拼湊線索。
為什麼新生兒的眼睛顏色會在第一年內改變
許多新生兒在出院時，眼睛顏色偏淺，或帶著一點藍灰色，看起來與日後的顏色不同。這是因為虹膜中黑色素的產生，在出生後仍在逐漸加速。在出生後的頭六到十二個月間，隨著虹膜中的黑色素細胞開始活化、沉積更多色素，眼睛的顏色通常會逐漸加深。一個看似藍眼睛出生的寶寶，最後可能會變成榛色、綠色或棕色。而一個出生時眼睛就比較深的寶寶，通常會維持深色，不過還是可能出現細微的變化。這種改變是漸進式的，而不是一次性的切換，即使大部分的變化都發生在第一年內，某些細微的調整仍可能持續到寶寶滿一歲之後。
這一點，對使用任何預測工具的父母來說都很重要：出生時得到的答案，很少會是最終答案。根據父母基因建立的計算工具，預測的是日後成年階段可能出現的顏色，不一定是寶寶剛從醫院帶回家時的那個顏色。與其把出生時的顏色當成定案，不如著眼於規劃最終穩定下來的顏色，這樣通常更有幫助。
新生兒眼睛顏色背後的遺傳學
眼睛的顏色來自黑色素，也就是為皮膚與頭髮上色的同一種色素，而虹膜中有兩層可以容納色素的構造。兩層都集中了較多色素時，看起來就是棕色。中等程度的色素，加上稍微不同的光散射模式，看起來就是綠色或榛色。色素非常少的時候，底層的藍色波長就會散射出來，形成藍色的眼睛。
用簡化版的孟德爾遺傳學來看，棕色屬於顯性性狀，藍色屬於隱性性狀，綠色則介於兩者之間。孩子只要從父母任一方得到一個棕色變異基因，就會傾向呈現棕色；但要落在藍色，則需要兩個藍色變異基因（父母各提供一個）。這就是為什麼即使父母雙方都是棕色眼睛，只要各自傳給孩子一個隱藏的藍色變異基因，還是可能生出藍眼睛的新生兒。
但實際上，眼睛顏色是多基因性狀，至少有 16 個基因參與其中。位於第 15 號染色體上的 OCA2 與 HERC2，負責了大部分的作用，而其他基因則會朝不同方向，帶來一些細微的影響。這正是為什麼單靠父母的眼睛顏色來預測，只能得到近似值，而不是確定的答案，也是為什麼眼睛顏色有時會跳過一代，然後又在孫輩身上重新出現。祖父母的基因，即使父母雙方都沒有表現出某項性狀，仍然有可能悄悄影響新生兒的眼睛顏色。
常見的父母組合與可能的結果
雖然沒有任何計算工具能保證得出單一結果，但某些父母組合確實會強烈偏向某個方向。以下是根據已發表的遺傳學圖表，最常見的幾種配對大致上的分布情況：
| 父母 | 最可能的結果 | 其他可能的顏色 |
|---|---|---|
| 棕色 + 棕色 | 強烈偏向棕色 | 有一定機率是綠色或藍色 |
| 棕色 + 綠色 | 棕色或綠色 | 藍色的機率較小 |
| 棕色 + 藍色 | 棕色與藍色接近 50/50 的分配 | 綠色機率較小 |
| 綠色 + 綠色 | 大多是綠色 | 有一定機率是藍色 |
| 綠色 + 藍色 | 介於綠色與藍色之間 | 棕色有可能，但很罕見 |
| 藍色 + 藍色 | 幾乎一定是藍色 | 棕色或綠色極為罕見 |
這些型態反映的是顯性與隱性之間的關係，而不是絕對固定的規則。確切的百分比在不同圖表之間會有些微差異，但這個方向在大多數已發表的資料來源中都是一致的，也是這個計算工具所依據的邏輯。如果父母看到某個非預期顏色出現一個較小的百分比，不應該就此忽略它。這些百分比描述的是，在許多父母眼睛顏色相同的家庭中可能出現的結果，而個別家庭的實際情況，可以落在這個範圍中的任何一點。
如何使用這個計算工具估計你新生兒的眼睛顏色
想在寶寶出生前快速得到一個估計值，Baby Eye Color Calculator 會透過三個步驟，把父母的眼睛顏色轉換成預測機率。
- 開啟計算工具，從棕色、綠色或藍色中選擇爸爸的眼睛顏色。
- 從同樣的三個選項中，選擇媽媽的眼睛顏色。
- 查看你寶寶眼睛呈現棕色、綠色與藍色的預測機率。
這個工具參考已發表的眼睛顏色遺傳學圖表，會立即把父母的組合換算成三個加總永遠是 100% 的百分比。舉例來說，父母雙方都是棕色眼睛時，棕色的機率大約是 75%，綠色大約是 18.75%，藍色大約是 6.25%。父母雙方都是藍色眼睛時，藍色的機率大約是 99%。一位棕色眼睛的父母搭配一位藍色眼睛的父母時，棕色與藍色的機率接近 50/50，而綠色則是機率較小的第三種可能。
要得到最有用的解讀方式，可以把百分比最大的顏色，視為最可能出現的結果；第二大的顏色，視為一個真實存在的可能性；而最小的那個，則視為機率不高的意外驚喜。如果家族史中有榛色、琥珀色或綠色眼睛，不妨連續試幾種不同的組合，因為這個模型只用三種類別，會把相近的色調歸到最接近的分類中。把同一對父母，拿去和不同組合互相比較，也有助於建立你對顯性與隱性關係如何運作的直覺。
這個計算工具無法告訴你的事
這個工具是一個快速、以科學為依據的估計值，而不是一項基因檢測。它看的是父母雙方肉眼可見的眼睛顏色，並根據一個簡化模型回傳百分比。它無法讀取父母各自帶有的特定基因變異，所以一位帶有隱藏藍色變異基因的棕眼父母，在這個計算工具眼中，會和一位沒有這種隱藏變異基因的棕眼父母看起來一模一樣。
這個計算工具也無法考慮祖父母與更早幾代人的因素，即使他們的基因確實有可能在孫輩身上重新浮現。像榛色、琥珀色與灰色這類較罕見的顏色，並不在這個三色模型之內，所以一個最終眼睛落在這些色調之一的寶寶，會被歸類到最接近的分類中，而不會單獨顯示為一個結果。
寶寶出生時的眼睛顏色，不一定就是最終的顏色。因為黑色素在出生後仍會持續發展，所以顯示出來的百分比，比較接近對最終穩定顏色的預測，而不是對新生兒剛出院時眼睛顏色的判讀。這個計算工具的用途是娛樂與一般性的學習，並不是醫療或基因方面的建議。
如何解讀機率結果
每一種父母組合，都會回傳三個加總為 100% 的百分比。數值最大的那一項，是最可能出現的結果，但只要數值大於零，都是一種真實存在的可能性。遺傳學是一場機率遊戲，不是丟銅板，那些較小的百分比並不代表零機率，只是比較少見而已。
對準父母來說，最有用的做法，是分兩個階段來解讀結果。首先，記下機率最高的顏色，把它當成規劃或好奇心的預設假設。接著，記下第二與第三個顏色，把它們當成真實存在的可能性，尤其是當父母任一方的家族史，剛好符合其中某個色調時。
如果父母雙方的眼睛顏色相同，那個顏色的百分比通常會明顯占優勢，其他顏色則維持在較小的比例。如果父母雙方的眼睛顏色差異很大，百分比通常會在兩種顏色之間分配，第三種顏色則只占較小的一部分。多觀察幾組不同組合中出現的這種型態，有助於建立你對這套遺傳學運作方式的直覺，即使確切的數字只是近似值。
請把這個結果，當成一種帶有教育意義的估計，而不是一個確定的預測。這個計算工具，是在寶寶出生前快速探索遺傳學的一種方式，但真正的答案，只有在寶寶出生之後才會揭曉，而且隨著虹膜中的黑色素在第一年內持續發展完成，答案還會繼續逐漸穩定下來。
想進一步了解，請參閱 How to Determine Prime Factorization of Any Number。